TOMALTERTOX

Contexte

En parallèle et en complément de ce projet d’évaluation des résidus, la SONITO est également impliquée dans le projet ANR TOMALTERTOX depuis octobre 2025. Ce second projet cherche à évaluer la toxicité des mycotoxines pour la santé humaine.

Avec les travaux menés dans ces deux projets, la filière tomate destinée à la transformation aura la capacité de s’adapter pour continuer de garantir la sécurité alimentaire de ses produits.

Objectif(s)

L’objectif principal du projet « TOmALTerTOX » est de recueillir de nouvelles données et de développer des solutions biologiques pour lutter contre la contamination par Alternaria spp. dans la filière de production de tomates.

Ce projet vise à :

(i) étudier les microbiomes de la tomate, en recensant les espèces d’Alternaria présentes. Ce recensement sera complété par une caractérisation génomique et métabolomique des souches d’Alternaria identifiées. Il permettra également :
(ii) d’évaluer la présence des principales mycotoxines produites par Alternaria spp.,
(iii) de déterminer leur toxicité, seules et en combinaison, et
(iv) de rechercher des solutions de biocontrôle utilisant soit des souches identifiées comme antagonistes d’Alternaria lors des études du microbiome, soit des molécules naturelles obtenues par éco-extraction de déchets végétaux, afin de proposer des solutions alternatives aux producteurs.

Pour ce projet, SONITO est leader du WP1 : Collecte d’échantillons avant récolte et tout au long de la chaîne de transformation.

Nous devons collecter le plus grand nombre possible d’échantillons de fruits bien caractérisés dans diverses conditions, comme détaillé dans les tâches ci-dessous. Ces échantillons seront essentiels pour les analyses et les travaux à réaliser dans les autres WP. L’objectif principal est d’assurer une collecte d’échantillons exhaustive et représentative afin de soutenir les objectifs du projet, en mettant l’accent sur la traçabilité des échantillons.

Une traçabilité détaillée sera ainsi maintenue, incluant des informations sur la parcelle, les techniques de production, les variétés et les données météorologiques.

Pour cette tâche, un échantillonnage sera réalisé sur les quatre années du projet sur des fruits de différentes variétés, avec ou sans résistance ou tolérance à Alternaria, telles que proposées chaque année par les entreprises semencières. L'objectif est de collecter des fruits de ces variétés afin d'évaluer leur variabilité en ce qui concerne les mycotoxines.

Un protocole sera établi pour obtenir les lots à échantillonner. Chaque année, pour les essais variétaux précoces et tardifs, 8 à 10 variétés, dont une variété de référence, seront observées sur 2 à 3 sites de production de tomates de transformation. Cette tâche permettra de recueillir un maximum de 60 échantillons de fruits.

Un échantillonnage sera réalisé sur les fruits issus de différents systèmes de culture pendant les quatre années du projet. Les fruits seront collectés dans les champs des producteurs, en agriculture conventionnelle ou biologique. De plus, des variétés cultivées en agriculture conventionnelle avec des intrants réduits pour lutter contre l’Alternaria en fin de cycle seront également collectées.

Un protocole sera établi pour obtenir les lots à échantillonner. Chaque année, 15 à 20 échantillons de fruits seront collectés dans ces différents systèmes de culture.

Un échantillonnage sera réalisé sur les tomates après récolte pendant les quatre années du projet. La collecte se poursuivra pendant le stockage en bennes, aussi bien au champ qu’à l’usine, dans la zone de pré-stockage des mêmes bennes.

L’objectif est d’analyser l’impact des délais et des conditions d’attente entre la récolte et la transformation. Les conditions climatiques pendant le stockage au champ après la récolte, ainsi que la température et l'humidité en usine, seront surveillées.

Un protocole sera établi pour obtenir les lots à échantillonner. Chaque année, une vingtaine d'échantillons de fruits seront prélevés dans ces bennes, dans deux usines différentes.

Ce WP1 est également directement lié au WP5, qui porte sur les essais de biocontrôle utilisant des antagonistes d'Alternaria sur les cultures de tomates transformées, au champ, durant la dernière année du projet, après des essais en laboratoire.

L'objectif principal de ce WP est d'obtenir un nombre suffisant d'échantillons bien caractérisés